Korzenie Polskiego Towarzystwa Lekarskiego sięgają początków XIX wieku. Jest to najstarsze i najliczniejsze stowarzyszenie, które zrzesza ponad 25 000 lekarzy różnych dyscyplin medycznych w 45 oddziałach regionalnych, 220 kołach i 24 sekcjach specjalistycznych. W wielu miejscowościach na terenie kraju PTL jest jedynym medycznym towarzystwem naukowym. Polskie Towarzystwo Lekarskie przez całe dziesięciolecia kultywowało najpiękniejsze tradycje Naukowych Towarzystw Lekarskich takich, jak Warszawskie, Krakowskie, Poznańskie, Lubelskie, Częstochowskie i inne. W latach ubiegłych z wielu sekcji Towarzystwa powstały samodzielne Naukowe Towarzystwa Lekarskie m.in.: Towarzystwo Medycyny Społecznej, Medycyny Wsi, Diagnostyki Laboratoryjnej, Akupunktury, Alergologii i Ultrasonografii.
Polskie Towarzystwo Lekarskie posiada 200-letnią tradycję. Powstało w 1805 roku w Wilnie z inicjatywy Jędrzeja Śniadeckiego, jednego z najwybitniejszych uczonych polskiego Oświecenia, a obecnego Patrona PTL. Była to jedna z pierwszych organizacji lekarskich w tej części Europy. Za przykładem Polskiego Towarzystwa Wileńskiego, powstawały kolejne towarzystwa lekarskie na terenie wszystkich zaborów. W 1820 r. zostało założone Towarzystwo Lekarskie Warszawskie, a potem kolejne w Krakowie, Lublinie, Kaliszu i kilku innych miastach oraz na kresach Polski i poza granicami kraju: w 1858 r. w Paryżu, w 1901 r. w Sankt Petersburgu, w 1907 r. w Chicago, w 1912 r. powstało Polskie Towarzystwo Lekarzy w Ameryce.
W okresie zaborów, poza głównym nurtem działalności w podnoszeniu kwalifikacji zawodowych i naukowych, PTL był miejscem kształtowania postaw patriotycznych i krzewienia kultury polskiej. PTL tworzyli bowiem i wspierali wielcy i wspaniali lekarze: Tytus Chałubiński, Henryk Jordan, Wiktor Szokalski, Ludwik Rydygier, Władysław Biegański i inni. Złotymi zgłoskami w historii PTL zapisał się Władysław Biegański, który po przezwyciężeniu dużych utrudnień ze strony urzędu carskiego w 1901 r. założył w Częstochowie Towarzystwo Lekarskie. Pełniąc przez 16 lat obowiązki prezesa uczynił w Częstochowie PTL jedno z najpoważniejszych ośrodków krzewienia wiedzy i kultury w zaborze rosyjskim.
Rodowodem PTL są te towarzystwa, które grupowały przed wszystkim lekarzy ogólnych, rodzinnych, a w późniejszych latach również specjalistów, którzy widzieli konieczność integrowania różnych dyscyplin medycznych. PTL to nie tylko najstarsze, ale jedyne w kraju towarzystwo medyczne, grupujące lekarzy różnych specjalności i mające charakter międzydyscyplinarny.
20-lecie międzywojenne było okresem spontanicznego powstawania lokalnych towarzystw lekarskich, które stopniowo łączyły się w działalności ogólnokrajową PTL w zakresie intensywnego szkolenia i rozwijania zasad moralno-etycznych środowiska lekarskiego oraz tworzenia wydziałów lekarskich w ośrodkach uniwersyteckich. II wojna światowa przerwała owocną działalność PTL, ale tak wielu wychowanych w okresie międzywojennym zapisało swą bohaterską działalnością najpiękniejsze karty najnowszej historii Polski.
Po II wojnie światowej PTL, jako podmiot z własną osobowością prawną, powstało w 1951 roku, łącząc 19 działających w tym czasie towarzystw, co miało ułatwić władzom politycznym sterowanie, ale PTL nigdy nie podporządkował się naciskom i pozostało zawsze apolityczne, co zawdzięczmy niezwykłym postaciom PTL (p: Tadeusz Brzeziński „Polskie Towarzystwo Lekarskie 1951-2001”, Warszawa 2001). Dzięki wysokiemu morale ówczesnego środowiska lekarskiego, sprawy organizacyjne PTL dostały się w ręce ludzi mądrych i szlachetnych. Pomimo pauperyzowania i odszlachetnienia stanu lekarskiego, PTL było ostoją tradycji i kontynuatorem etosu lekarskiego. Opracowane przez grono najwybitniejszych polskich autorytetów medycznych z nieodżałowanym prof. Józefem Boguszem „Zasady deontologiczne polskiego lekarza” były wzorcem w wychowaniu studentów i podstawą oceny postępowania lekarzy. Będąc najliczniejszym i dobrowolnie zrzeszających się lekarzy, stało się nieopisanym spadkobiercą rozwiązanych izb lekarskich i przez 40 lat walczyło o ich reaktywowanie. Pełną autonomię regionalnych towarzystw lekarskich będących oddziałami PTL uzyskano dopiero w czasie odzyskania wolnej demokracji III Rzeczypospolitej, co znalazło się w zapisie Statutu PTL, a w 2006 roku PTL uzyskało status działalności pożytku publicznego. Pozwoli to na realizację zadań PTL we współczesnych czasach, a hasła wypisane na sztandarze PTL „BÓG, HONOR, OJCZYZNA” oraz „DOBRO CHOROWEGO NAJWYŻSZYM PRAWEM” niech prześwieca za wzorem Wielkich Postaci Polskiego Towarzystwa Lekarskiego.
Ogromna rola PTL w rozwoju nauk medycznych, kształceniu ustawicznym i krzewieniu etyki znalazło wielkie uznanie w Word Medical Association, czego wyrazem jest wiele zawartych umów o współpracy międzynarodowej.